在这部全新的“蜡笔小新剧场版”中，小新和他的家人在春日部发现了一座神秘的古代遗迹，当地流传着关于遗迹中珍贵宝石的传说。小新的好奇心再次作祟，他和小伙伴们组成了一个“小探险队”，决定揭开遗迹的秘密。在探险过程中，他们遇到了来自遗迹守护家族的古怪少女，她拥有与宝石相关的特殊能力，但也面临着失去家园的危机。随着神秘组织对宝石的觊觎，小新和伙伴们在滑稽搞笑的冒险旅途中，展开了一场保护遗迹和拯救守护家族的行动。在友情与勇气的驱动下，小新等人最终解开了遗迹的秘密，化解了危机，并在过程中学习到了珍惜历史与文化的重要性。
