在《秘密入侵第二集》中，前中情局特工莉萨·康奈尔意外收到一封神秘对讲机传来的求救讯号，声称一场影响全球安全的恐怖袭击即将发生。与此同时，她发现一名行踪可疑的陌生人不断出现在自己的生活中，引发她的警觉。在追踪过程中，莉萨渐渐发现这个陌生人似乎知道她的一切，并且他与一群表面上无辜实则危险的地下组织成员密切相关。随着调查的深入，莉萨揭示了一场涉及高级政府官员和科技巨头的阴谋，他们正试图通过一种先进的心理操控技术来实现全球范围的控制。为阻止这场灾难，莉萨必须重新联系她过去的同事，组建一个临时团队，并找到分布在世界各地的线索。在无数次的智谋较量中，她不仅面临敌人的追捕，也需破解内心深处的信任危机。故事在一场惊心动魄的生死对抗中达到高潮，莉萨站在了选择的岔路口：是揭露真相，还是为了保护至亲之人而妥协？影片在重重反转中探讨了忠诚、背叛和人性中的黑暗面。
